1.缺乏强有力的内部控制
　　当前，基层医疗卫生机构在实施财务管理的过程中，普遍缺乏强有力的内部控制，缺乏系统完善的内控制度，难以有效约束和规范财务管理工作人员的具体行为，导致财务管理缺乏严谨性。医疗改革后，基层医疗卫生机构加大了对设备购置的严格管控，但对于设备使用缺乏强有力的内部控制，极易导致账实不符，并在不同程度上引发资产流失。另外，内部审计相关部门未能充分发挥其职能，难以实现对财务管理各项行为的有效规范，难以大幅度提升财务管理实际质量。
　　2.缺乏良好的预算管理
　　基层医疗卫生机构在实施财务管理的过程中，缺乏良好的预算管理，难以有效提升资源实际使用效率和财务管理水平，难以良好实现自身的财务管理目标和经营战略。基层医疗卫生机构普遍对年度预算进行编制，但缺乏对预算管理的正确认识，仅将预算编制和执行情况用于考核评审，造成各部门未能形成良好协调，未能科学实施切实可行的财务预算。
　　3.财务管理人员的业务水平和综合素质有待提高
　　基层医疗卫生机构现有的财务管理工作人员普遍缺乏良好的财务管理意识和风险控制意识，且财务分析、信息反馈等能力有待提高。财务管理人员缺乏对财务管理的深刻认识，难以实现对财务风险的有效识别，且未能深入理解和熟练掌握会计核算的基本流程，难以有效保障财务核算的质量和效果，难以及时发现并有效控制财务管理中存在的财务风险。