（一）业财配合程度不高
　　财务一体化不仅是财务部门的系统升级，更是企业以财务管理升级为起点，全面管理升级的重要手段。实际业务中，由于长期以来部门各自为政，业务和财务配合程度不高，数据交互和校验难以实现，数据准确性质量不高。
　　因为涉及到较大的系统和管理革新，财务人员和业务人员难以适应，尤其是在转型前缺乏统一的核算模式和标准化的业务管理流程，以财务部门之力推行较大力度的管理转型难度较大。
　　（二）缺乏制度和绩效考核支撑
　　财务一体化转型升级前，对于相关管理提升的各项措施和变革，缺乏完善的制度支撑，真正推行财务一体化过程中需要不断适应各种问题，应对各种挑战。
　　财务一体化转型过程及初期，没有系统性的绩效考核配套措施，传统考核财务重指标，业务重经营，而财务一体化的综合效果缺乏考核依据，由于缺乏绩效激励，运行效果不理想。
　　（三）缺少复合型人才，技术不完善
　　财务一体化是企业重大变革，要求财务人员一方面向业务端延伸，更多地关注业务流程和管理优化，一方面向数据加工分析端延伸，将整合的业财数据进行价值挖潜，真正发挥数据的价值最大化。通常，企业缺少此类复合型人才储备，对系统推广和稳定运行造成较大压力。 　　对于全新的信息化系统，打造一套全新的、完全契合企业需要的系统需要时间的打磨，对于系统的业务覆盖全面性、运行稳定流畅性和系统安全性都有较高的要求。